Eric Bapteste
Eric Bapteste, 31 ans, est chargé de recherche CNRS depuis 2007 dans le laboratoire Systématique, adaptation, évolution (UMR7138, Université Pierre et Marie Curie). Passionné très tôt par l’évolution et la philosophie, Eric obtient son DEA de Biodiversité Génétique, Histoire et Mécanismes de l’Evolution en 2000. Il s’initie alors à la phylogénie moléculaire. Il persiste dans ce domaine de recherche et effectue une thèse sur la phylogénie générale des eucaryotes à Paris XI et à Paris VI ainsi qu’une licence et une maîtrise de philosophie à la Sorbonne. A l’issue de ces premiers travaux scientifiques, il soupçonne que le modèle classique d’un arbre unique du vivant est à la fois trop rigide et que son universalité est trop vaste. Pour vérifier cette hypothèse, Eric élargit ses études de l’évolution dans deux directions complémentaires : biologique et épistémologique. Il intègre le laboratoire de W. Ford Doolittle au Canada où il étudie pendant trois ans et demi le transfert latéral de gènes chez les procaryotes (bactéries et archées) et son impact sur la théorie phylogénétique. Cette recherche aboutit à une remise en cause du modèle évolutif arborescent chez les procaryotes. En parallèle, il soutient une thèse en philosophie des sciences sous la direction de J. Gayon intitulée «Au-delà de l’Arbre du vivant : pour une phylogénie postmoderne ». Ces réflexions et sa pratique scientifique l’amènent à développer de nouveaux concepts évolutifs et à défendre une vision pluraliste et intégrative de la phylogénomique.
Ses travaux actuels reposent désormais sur les idées suivantes : (i) l’étude du seul contenu génétique des chromosomes microbiens ne suffit pas pour étudier la totalité de la diversité génétique naturelle. Une grande partie de la diversité génétique est portée par des éléments génétiques mobiles en transit permanent entre les cellules ; (ii) les molécules d’ADN s’échangent et se transforment entre des partenaires qui ne sont pas forcément apparentés mais qui appartiennent à une communauté génétique plus large ; (iii) les chimères génétiques sont particulièrement nombreuses dans la nature en raison des échanges latéraux qui s’ajoutent au processus d’hérédité verticale et à la réplication ; (iv) il faut recourir à plusieurs patrons évolutifs (arbres et réseaux) selon la biologie des taxa étudiés, à différentes échelles ou pour différents buts pour comprendre leur évolution, et veiller à inclure des données environnementales et les séquences des éléments mobiles dans ces analyses
Institut de biologie Paris Seine
(CNRS, Université Pierre et Marie Curie, MNHN, IRD)
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