Rencontre avec Perrine Paul-Gilloteaux, ingénieure de recherche dans la Structure fédérative de recherche en santé François Bonamy et pour l’infrastructure nationale France-BioImaging.
Rencontre avec Perrine Paul-Gilloteaux, ingénieure de recherche dans la Structure fédérative de recherche en santé François Bonamy, à Nantes et pour l’infrastructure nationale France-BioImaging. Son travail consiste à analyser des images, provenant en majorité de microscopes, desquelles elle extrait des données quantitatives. Invitée aux rencontres Etonnant Vivant, elle a présenté ses derniers résultats en compagnie de Magalie Feyeux, ingénieure en analyse d’image sur la plateforme MicroPICell de la même structure.
© CNRS Aurélie Meilhon
« Mon parcours scientifique »
Après un cursus d’ingénieur généraliste en informatique, plutôt dans le domaine des télécommunications, j’ai découvert l’ingénierie biomédicale. J’ai réalisé une thèse de doctorat qui portait sur la création d'outils d’aide aux opérations de neurochirurgie. Lors de mon post-doctorat, j’ai voulu passer de la recherche méthodologique (« aider à faire ») à des projets de biologie fondamentale (« aider à comprendre »).
« Mes recherches »
Je fais de l’analyse d’images pour la biologie, et donc le plus souvent de l’analyse d’images provenant de microscopes, l’outil d’observation clef à l'échelle du vivant. Extraire des informations quantitatives plutôt que qualitatives, automatiser les acquisitions et les analyses en nombre suffisant pour obtenir des données significatives, extraire de ces observations des informations non appréhendables par l’œil humain, modéliser les résultats obtenus, voilà les défis quotidiens que nous nous lançons avec nos collaborateurs biologistes. Le vivant s’appréhende à différentes échelles, de l'organisme entier jusqu’à des protéines uniques dans une cellule. Je concentre donc aujourd’hui mes recherches sur les méthodes pour passer d’une échelle à l’autre, et pour comprendre et lier les informations obtenues à ces différentes échelles.
« Ce que j’aime dans mon métier »
Pas une journée ne ressemble à une autre mais chaque journée est passionnante. En recherche, nous avons la possibilité d’échanger avec des collaborateurs ou collègues de culture scientifique parfois très différente : j’ai l’impression d’apprendre tous les jours.
Figure : Simulation pour valider les algorithmes et logiciels.
A-B: Ces images sont créées par ordinateurs, et pourraient par exemple correspondre à des noyaux de cellules. Le volume B est une sous partie de l’image A qu’on simule imagé à une échelle différente, avec une résolution différente. Le but est de retrouver ces 3 sphères dans le plus grand volume.
C: L’algorithme développé retrouve automatiquement l’échelle et les positions respectives des deux volumes.
D: est une superposition d’une coupe 2D des deux volumes après réalignement (recalage), en blanc et en ver.
E: Uniquement le volume vert est montré.
F: Une carte d’erreur tri dimensionnelle est calculée: elle montre la confiance d’appariement de structure, les parties en jaunes sont les moins précises. © Perrine Paul-Gilloteaux
© Perrine Paul-Gilloteaux
En savoir plus :
- eC-CLEM: flexible multidimensional registration software for correlative microscopies. Paul-Gilloteaux P, Heiligenstein X, Belle M, Domart MC, Larijani B, Collinson L, Raposo G, Salamero J. Nat Methods. 2017
- Optimizing radiotherapy protocols using computer automata to model tumour cell death as a function of oxygen diffusion processes. Paul-Gilloteaux P, Potiron V, Delpon G, Supiot S, Chiavassa S, Paris F, Costes SV. Sci Rep. 2017
- A Biologist-Friendly Method to Analyze Cross-Correlation Between Protrusion Dynamics and Membrane Recruitment of Actin Regulators. Paul-Gilloteaux P, Waharte F, Singh MK, Parrini MC. Methods Mol Biol. 2018;