François BlanquartChercheur CNRS au Centre interdisciplinaire de recherche en biologie (CIRB)
Centre interdisciplinaire de recherche en biologie (CIRB) - (CNRS/ INSERM/ Collège de France)
François Blanquart cherche à comprendre comment les populations s’adaptent à des environnements changeants. Pendant sa thèse sous la direction de Sylvain Gandon (Centre d'écologie fonctionnelle et évolutive, Montpellier) et un premier post-doc avec Thomas Bataillon à l’Université d’Aarhus, (Danemark), il a développé un travail théorique pour comprendre ces dynamiques. Lors d’un deuxième post-doc avec Christophe Fraser (Imperial College London, Royaume-Uni), il a décidé de se focaliser sur les pathogènes humains. Les pathogènes doivent s’adapter aux conditions changeantes au sein de l’hôte (système immunitaire, traitements) et également à une diversité d’hôtes. Il travaille en particulier sur l’évolution du VIH et des résistances aux antibiotiques chez les bactéries, en analysant des données génomiques et épidémiologiques à la lumière de modèles mathématiques. Il poursuit ce travail depuis son recrutement au CNRS en 2017.
Épidémiologie évolutive des bactéries commensales
EvoComBac
Comprendre l'adaptation rapide des pathogènes infectieux est essentiel pour gérer ces pathogènes et anticiper leur évolution. Cependant, les modèles existants ne parviennent souvent pas à expliquer ces dynamiques. Ce défi majeur de la biologie évolutive est abordé chez l'espèce bactérienne Escherichia coli. Il s’agit d’une espèce commensale de l'intestin et un pathogène opportuniste responsable d’infections résultant en plus d'un million de décès chaque année. Cette espèce a évolué rapidement lors des quatre dernières décennies : à partir des années 1980, de multiples résistances aux antibiotiques ont émergé et de façon concomitante la virulence, qui est la propension à causer des infections, a augmenté. Les processus évolutifs à l'origine de ces changements sont en grande partie inconnus. Pour élucider ces processus, François Blanquart et son équipe développent une cohorte prospective constituée de 200 volontaires sains suivis longitudinalement pendant deux ans. Ils analysent ces données à la lumière de modèles mathématiques décrivant l’écologie d’E. coli aux niveaux intra-hôte et populationnel. Les prédictions de ces modèles seront comparées à l’évolution qui s’est déroulée de 1980 à 2025, représentant environ 100 000 générations d'évolution bactérienne. Ce projet améliorera la prévision des dynamiques évolutives des pathogènes infectieux.